源于巴尔虎旗蒙古穆奇德氏，属于汉化改姓为氏。

穆奇德氏祖上穆奇德·罗拔伙世居辽阳，隶属巴尔虎旗蒙古。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，因遭受葛尔丹部族的迫害，率巴尔虎族万余人南下，游牧于今张家口一带。康熙三十一年(公元1692年)经清廷准议，全族移驻盛京(今辽宁沈阳北部)，其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，称蒙古九旗。清乾隆年间至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居凤城镇，取汉字“秦”为氏。

金朝抹撚氏以及清朝穆颜氏，后有改为秦氏者。

另有各少数民族与汉族通婚繁衍，成为秦姓一支。