辖区相对北方来说，战争的灾祸小一些。到了西晋末，大量的百姓及不少豪门贵族跟随晋元帝司马睿逃到大江以南，司马睿依靠他们在南方建立政权，谓之东晋；凡是与他们一起过江者，被当地人称为“侨人”，其中不乏秦姓人。从而以江苏、浙江两地为主，在江南繁衍生息下来。就居住人口而言，无锡、会稽、山阴、宁波最为集中。南北朝时，南方依旧相对稳定，秦姓人则在南方得到进一步发展且影响深远，后来的许多秦姓人杰就多源于江南。

巍晋南北朝时，北方伐乱不息，秦姓族人因避乱再度南迁。同时，在今甘肃省境又形成一大郡望，即天水郡。魏晋以后，秦姓已分布于工南许多地方，其中江苏无锡，浙江会稽、山阴、宁波最为集中。

3.唐、宋、元、明时期：

宋、元、明时期，秦姓有迁至广西、安徽、贵州、福建、北京、上海等省市者，历清至近现代，分布地更广，遍布于全国各地，而且还有不少移居海外，从而使秦姓得以更加广播，枝叶进一步繁茂。